بيمارستان شهيد رجايي از سال 1363 فعاليت خود را به عنوان مركزي جهت مراقبت از جانبازان با آسيب هاي نخاعي شروع كرد و از سال 1371 به دنبال بروز اختلالات عصبي ناشي از عوارض جنگ که رزمندگان را درگير کرده بود اين مرکز اقدام به بستري جانبازان اعصاب و روان نمود. از سال 1382 با دريافت پروانه تأسيس و بهره برداري از وزارت بهداشت و درمان رسماً با عنوان بيمارستان تخصصي اعصاب و روان فعاليت خود را با 60تخت فعال ادامه داد.در سال 1389 از طريق پيگيري هاي فراوان با دانشگاه علوم پزشکي اصفهان ، معاونت درمان دانشگاه و وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشکي در تاريخ 89/7/24 چهل تخت به مجموع تخت هاي بيمارستان اضافه گرديد و 100 تخت خوابي شد. این بیمارستان در  سال 95 زیر نظر شرکت متد اقدام به فعالیت می نماید. با توجه به اينکه بيمارستان موافقت اصولی دريافت مجوز 250 تخت مصوب از وزارت بهداشت گردیده است که علاوه بر بخش های روانپزشکی، بخش های داخلی، مغز و اعصاب نیز به آن اضافه شده است  و  با عنايت به مساحت 75000 متر مربع بيمارستان، اين مرکز در حال حاضر بزرگترين بيمارستان غير دولتي روانپزشکي در سطح استان و نيز بزرگترين و یکی از بهترین بيمارستان های روانپزشکي بنياد شهيد در سطح کشور مي باشد.